Historia
La historia se centra en la saga de Naruto Shippuden poco después del Rescate del Kazekage, la trama comienza con la lucha entre el Dos Colas y Yugito Nii, que se enfrentan a Hidan y Kakuzu, hasta otro enfrentamiento con Akatsuki y los bijus, como el del Isobu frente a Akatsuki y los equipos de Konoha, en la saga del Arribo del Sanbi.
Jugabilidad
En el centro de la historia, el jugador puede atacar a las dos colas con Hidan y Kakuzu, y también ir en contra de las tres colas. Los personajes se pueden reproducir en su Parte I y Parte II.
Naruto Uzumaki (Parte I) : Combo de Uzumaki Naruto y Rasengan
Naruto Uzumaki (Parte II) : Gran Bola Rasengan y Rasenshuriken
Uchiha Sasuke : Chidori Eiso y Chidori
Kakashi Hatake : Espada Relámpago y Kamui
Might Guy : Fuerte Remolino de la Hoja y Amanecer del Pavo Real
Gaara : Tsunami de Arena por Funeral de la Cascada Imperial de Arena y otro ataque en el que convoca la Mano de Shukaku de la arena, que aplasta al oponente
Itachi Uchiha : Amaterasu y Tsukuyomi
Personajes utilizables
Los personajes de Naruto: Ninja Destiny 3 utilizables son:
Naruto Uzumaki (12 y 16 años, jugable en la Parte I y Parte II, también se puede jugar en forma de Nueve Colas , también se puede jugar en forma de una cola y por último se puede jugar en forma de cuatro colas)
Sasuke Uchiha (12 y 16 años, también se puede jugar en forma de sello maldito)
Sakura Haruno (12 y 16 años)
Kakashi Hatake
Neji Hyūga (13 y 17 años)
Rock Lee (13 y 17 años)
Gaara (12 y 16 años)
Temari (15 y 19 años)
Hinata Hyūga (12 y 16 años)
Kurenai Yuhi
Asuma Sarutobi
Hidan
Kakuzu
Deidara
Sasori
Itachi Uchiha
Kisame Hoshigaki
Hashirama Senju
Tobirama Senju
Tsunade
Orochimaru
Jiraiya
Minato Namikaze
Iruka Umino
Yamato
Maito Gai
Sai
Kabuto Yakushi
Shikamaru Nara (12 y 16 años)
Hiruzen Sarutobi
