Historia
El videojuego empieza en la tercera etapa de los exámenes chūnin, donde pelearás contra Neji, Temari y Gaara tomando el control de Naruto,Shikamaru y Sasuke, respectivamente.
Tras esto Orochimaru comenzará a invadir Konoha y el jugador tomará el control de Naruto peleando contra Gaara de la misma forma como ocurre en el anime.
Una vez superadas éstas luchas harán aparición los ninjas de la organización Akatsuki y el jugador deberá pelear 2 veces contra Itachi: la primera vez controlando a Kakashi y la segunda controlando a Sasuke.
Al igual que en el anime, una vez superadas éstas pruebas vendrá la búsqueda de Tsunade, y el jugador tomará el control de Orochimaru en su lucha contra Tsunade. Luego se tomará el control de Tsunade en una lucha contra Naruto y tomando el control de Jiraiya luchará contra Orochimaru.
Por último, usando a Naruto, el jugador deberá pelear contra Orochimaru, y tras vencerlo se terminará el modo "Historia".
Jugabilidad
En Naruto Ninja Destiny únicamente hay dos modos de juego, historia y batalla. El segundo consiste en enfrentamientos libres contra la CPU con los personajes que ya hemos desbloqueado, sin estar regidos por el argumento. Se ofrecen dos opciones, consistentes básicamente en disputar una pelea única contra un rival elegido por nosotros en el entorno que prefiramos o afrontar una ronda en la que nuestro enemigo va variando aleatoriamente, al igual que el escenario.
La trama del modo principal se inicia en la ronda final de los exámenes para Chunin, momento en el que la Aldea de la Arena se conjuga con Orochimaru para la invasión de la Villa Oculta de la Hoja, utilizando como arma secreta la liberación del Bijuu en el interior de Gaara. Apenas hay preámbulos, sólo un breve texto para ponernos automáticamente en acción.Desafortunadamente, no hay ninguna opción de entrenamiento, así que no tenemos ocasión de aprender con tranquilidad las técnicas disponibles. Ni siquiera hay un breve tutorial donde se nos enseñen las opciones más básicas del control, lo que resulta un fallo importante ya que es demasiado brusca la entrada en la primera pelea.
El modo historia no alcanza ni una hora de duración, pese a que ha sido ligeramente ampliado respecto a la edición japonesa, incluyendo además nuevos personajes, como los tres Sannin (Jiraiya, Orochimaru y Tsunade). El único aliciente posteriormente es descubrir algunos luchadores ocultos, para lo que es casi imprescindible ojear una guía.
Personajes
Los personajes de juego son:
Naruto
Sasuke
Kakashi
Sakura
Neji
Rock Lee
Shikamaru.
Gaara: Se desbloquea.
Temari: Se desbloquea.
Maito Gai: Se desbloquea.
Tsunade: Se desbloquea.
Jiraiya: Se desbloquea.
Orochimaru: Se desbloquea.
Itachi: Se desbloquea.
Naruto 'en forma Kyūbi': Se desbloquea.
Sasuke con el Sello Maldito: Se desbloquea.
