Historia:
La historia transcurre durante la segunda parte de la serie, centrandose en la saga de: "El Rescate de Gaara" y continua hasta el final de la saga de: "El tan esperado reencuentro". El modo historia cuenta con un total de unas 29 batallas.
Jugabilidad:
La mayoría de la jugabilidad es la misma que la de la anterior entrega, sólo que hay nuevos ataques especiales.
Un sistema de muestra de la mano también se añade el que los jugadores puede mantener pulsado un botón con el botón de esquivar tiros juntos para adoptar una actitud especial, el jugador tiene que mover el mando de Wii y el Nunchuk al unísono en 3 direcciones consecutivas para obtener efectos especiales. O bien se puede recuperar algo de Chakra, aumentar su poder de ataque con efectos súper armadura, a costa de Chakra o para algunos pueden tener acceso a una transformación especial aparte de usar sus modalidades especiales de transformar. Sin embargo; Sí uno intenta señales con las manos en la postura gemirá o se queda atrás en la decepción si son demasiado bajos en Chakra o meter la pata en las señales de sus manos. Esta postura también es sólo exclusivo para Wii Remote + Combo usuarios Nuchuk.
Mejoras del juego a partir de la entrega anterior, Naruto Shippuden: Ninja Taisen! Gekitō EX, incluir los obstáculos que hacen daño al contacto y la opción de convertir los obstáculos por completo. Naruto Uzumaki y Sasuke Uchiha también aparecen en sus formas originales, así como sus formas Shippuden. También es el primer videojuego de la serie Naruto Shippūden que ofrece a Sasuke Uchiha como personaje jugable.
Personajes utilizables:
Orochimaru
Sasuke Uchiha (Sharingan)
Kabuto Yakushi
Yamato
Rock Lee
Neji Hyūga
Tenten
Kiba Inuzuka
Sai
Sakura Haruno
Kakashi Hatake (Mangekyō Sharingan y Kamui)
Maito Gai
Shino Aburame
Shikamaru Nara
Naruto Uzumaki (Capa de Bestia con Cola, también se puede jugar en Naruto pre-timeskip)
Gaara
Hinata Hyūga
Chōji Akimichi
Kisame Hoshigaki
Deidara
Temari
Jiraiya
Sasori (Modo cien marionetas)
Sasori (Hiruko)
Itachi Uchiha
Kankuro
Tsunade
Asuma Sarutobi
Naruto (Parte I) (Capa de Bestia con Cola)
Sasuke (Parte I) (Sharingan)
Escenarios:
Son un total de 12 escenarios dobles:
Techo de oficina del Kazekage
Techo de la Oficina del Hokage
Monumento de los Hokage
Valle del Fin
Desierto de Sunagakure
Bosque Misterioso
En Frente de la Guarida de Akatsuki
Campos de Entrenamiento
Almacén
Base de Danzo
Puente Oculto de la Hoja
Guarida de Orochimaru
